按照《国家中长期科学和技术发展规划纲要》部署，“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项于2008年8月启动实施。专项面向人口健康主战场，以传染病防控重大需求为导向，针对艾滋病、病毒性肝炎、结核病以及新发突发传染病，着力加强防控技术体系建设，研发一批诊防治产品、治疗方案和预防控制策略，为提升重大和新发突发传染病防控能力提供了有力的科技支撑。
突发急性传染病防控能力持续增强。针对近年来新发突发传染病多发频发的严峻态势，以及时发现疫情、可靠鉴别病原、有效减少死亡等为关键环节，重点加强了应急科技支撑技术体系和能力建设。建立了覆盖全国的“应对新发突发传染病防控技术网络体系”，应急监测能力和对未知病原体的确证能力达到国际先进水平，在近年来历次重大疫情应对中发挥了重要的作用。其中，甲型H1N1流感防治研究成果荣获2014年国家科技进步一等奖；国家流感中心成为发展中国家唯一的WHO流感参比实验室。
重大传染病防治科技水平显著提升。在艾滋病诊治与综合干预、乙肝新型免疫策略与重症肝炎治疗、结核病诊断与耐药结核治疗等领域取得一批重要成果，为降低“三病两率”提供有力支撑。如，研制艾滋病毒核酸检测试剂使检测窗口期由22天缩短至11天，已应用于部分地区血源筛查并取得良好效果；对艾滋病感染者实施早期抗病毒治疗干预，其健康配偶年新发感染率下降73%；成功研发60微克乙肝疫苗，将疫苗接种应答率由78.6%提高到92.8%；优化慢性重症肝炎临床治疗方案，使病死率由84.6%降至56.6%；成功研发结核杆菌快速检测试剂，使检出率提高20%；在部分区域建立研究示范区，积极探索科技综合防治新模式。
科技创新能力持续增强。专项认真落实创新驱动发展战略，建立并完善了新型举国体制和协同创新网络，针对关键技术瓶颈，提升源头创新能力，加速成果转化应用。截至2014年底，传染病专项成果累计获得省部级以上科技奖励92项，其中国家级科技奖15项。构建了多渠道人才引进和培养体系，引进一批“千人计划”和海外高层次人才。
下一阶段，传染病专项将按照聚焦关键、聚焦重大、聚焦长远和聚焦能力的原则，紧密围绕防控重大需求，进一步突出重点，加快科技研发和成果推广进程，切实发挥科技创新的推动引领作用。
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