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根据自贡市卫生局的安排部署，2008年9月20日、21日，自贡市疾控中心、市卫生执法监督所组织食品卫生、流行病学专家和卫生执法人员，对自贡市初筛和诊治“三聚氰胺奶粉事件”婴幼儿的医疗卫生单位进行现场指导和检查。
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据了解，自贡市约有10多万婴幼儿需要筛查，工作量之大超出历史记录。但承担任务的各单位领导高度重视，均成立了专家组和应急预案应对本次突发事件。从检查的17个单位来看，业务人员和行管人员均全力以赴按照卫生部诊疗方案开展工作，特别是超声波检查、尿液检查岗位保证人停机不停，保质保量完成每天工作任务。
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在检查过程中，针对可能出现的问题，专家提出了合理化建议和意见：一是提醒各筛查和诊治医疗卫生单位注意以呼吸道传播为主的院内感染。由于短时间、大量婴幼儿聚集在一起，给呼吸道、消化道疾病传播提供了机会，所以各单位要注意消毒工作；二是合理、依法调配医疗资源，保证各项医疗服务工作正常开展；三是作好卫生宣传工作，特别是要作好婴幼儿家长的解释工作，防止和化解各种矛盾纠纷。
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